11 lipca 2013 roku Rafael Cabral przeszedł do Napoli za około 4 miliony euro. Tym samym Azzurri zostali pierwszą drużyną Brazylijczyka w Europie. W sezonie 2013/2014, Rafael był tylko zmiennikiem Pepe Reiny. Mimo to i tak udało mu się rozegrać 11 spotkań we wszystkich rozgrywkach. W tym rozegrał jedno spotkania w Lidze Mistrzów przeciwko Arsenalowi w fazie grupowej. Ni puścił on w tamtym spotkaniu ani jednej bramki, a Azzurri wygrali 2:0, co i tak jak się potem okazało nie wystarczyło do awansu do następnej rundy tych rozgrywek. Pierwszy sezon z Rafaelem Napoli skończyło na trzecim miejscu w Serie A, zwycięstwie w Pucharze Włoch oraz 1/8 finału Ligi Europejskiej. W następnym sezonie po odejściu z Napoli, Pepa Reiny, Brazylijski bramkarz stał się pierwszym bramkarzem w zespole. Drużyna nie zaczęła jednak tego sezonu najlepiej, odpadając w eliminacjach do Ligi Mistrzów z Athletic Bilbao. W całym sezonie, Rafael wystąpił w lidze 23 razy, natomiast w innych rozgrywkach 9 razy. Pod koniec 2014 roku Azzurri z Rafaelem w bramce wygrali w Superpucharze Włoch po rzutach karnych z Juventusem. Po 90 minutach i dogrywce na tablicy wyników widniał napis 2:2 co oznaczało serię rzutów karnych. Rafael obronił strzały Teveza,Chielliniego,Pereyry oraz decydujący Padoina i mógł świętować wraz z drużyną zdobycie Superpucharu Włoch. Ogólnie Rafael sezon 2014/2015 przeplatał świetnymi występami oraz takimi o których lepiej nie wspominać. Pod koniec sezonu z pierwszej składu wygryzł go Mariano Andujar. Trzeci sezon w barwach Napoli, Rafael zaczął jako trzeci bramkarz drużyny. Jak na razie nie wystąpił on w żadnym oficjalnym spotkaniu w tym roku i bardzo prawdopodobne jest to, że w niedalekiej przyszłości Brazylijczyk opuści Napoli.