Wart ok. 3,5 mln funtów obrońca Napoli swoją piłkarską karierę rozpoczynał w ojczyźnie (Argentynie) w Estudiantes, z którym w 2008r. doszedł do finału Copa Sudamericana, w którym jego zespół przegrał w dwumeczu (1:2) z Internacionalem. Fernandez zadebiutował w barwach Estudiantes w 2008r. w meczu z Vélez Sársfield. Swoją pierwszą bramkę strzelił 12 maja 2008r., po asyście Juana Sebastiána Veróna.

W 2009r. Federico został powołany do kadry U-20 na Młodzieżowe Mistrzostwa Ameryki Południowej. W tym samym roku wraz z klubem wygrał rozgrywki Copa Libertadores.

W 2010r. podpisał kontrakt z klubem z Serie A- Napoli, jednak ze względu na brak paszportu do Włoch przybył dopiero w 2011r. W barwach Estudiantes rozegrał łącznie 79 meczy, strzelając 6 goli.

Fernandez zadebiutował w Napoli w sezonie 2011/2012. Rozegrał 19 spotkań. Kolejny sezon od grudnia spędzał na wypożyczeniu w Hiszpanii- Getafe. W sezonie 2013/2014 powrócił do Włoch, gdzie wraz z Napoli zdobył Coppa Italia.

Mierzący 189 cm wzrostu stoper ma zaledwie 25 lat. Póki co serc kibiców Napoli nie podbił, jednak jego kontrakt obowiązuje do czerwca 2016r., więc będzie miał jeszcze okazję do poprawienia swojej gry. Z resztą już pod koniec minionego sezonu Argentyńczyk grał bardzo solidnie i myślę, że ma szanse na regularną grę w przyszłym sezonie.